ilker başbuğ 26. genelkurmay başkanı olarak 30 ağustos 2008 yılında göreve başlamıştır. 30 ağustos 2010 yılında kadar 2 yıl genelkurmay başkanı olarak görev yapmıştır. 6 ocak 2012 yılında internet andıcı davasında terör örgütü kurmak suçundan tutuklanmıştır. 5 temmuz 2013 yılında sonuçlanan ergenekon davasında müebbet hapis cezasina çarptırılmış fakat daha sonra 2mart 2014 yılında ergenekon davasından beraat ederek serbest bırakıldı.