isficâb dışında sâmânîlerin seyhun boyundaki doğu vilayetleri tekrar türk hakanlığı ülkesine katılırken nûh b. mansur, ülkesinde yeniden kontrolü sağlamak, hakanlığa yardım ederek kendisine ihanet eden ebû ali sîmcûr ve fâik’i bertaraf etmek ve türklerin yaklaşan istilasını önlemek için bu kez, kuzey afganistan’da önemli bir güç haline gelen gazneli sebüktegin’e dayanmaya başladı. bunun üzerine fâik bir yolunu bulup ilig nasr’a iltica etmeyi başardı. ilig nasr buhara’ya yürümeye karar verip fergana vilayetinden hareket ederek semerkand’ın yukarı sınırına kadar geldi. bölgedeki sâmânî valilerinden vergi gelirlerinin kendisine verilmesini talep etmeye başladı. bunu duyan nûh b. mansur bu sırada belh’te bulunan ülkenin tek güçlü ismi sebüktegin’e bir mektup gönderdi. mektubunda ilig nasr’ın ülke sınırına dayandığı haber verilerek ceyhun’u geçip acilen yardıma gelmesini ve son bir iyilik daha yaparak türk hakanlığını bölgeden çıkarmasını rica ediyordu. sebüktegin durumu ileri gelen adamları ile istişare ettikten sonra sâmânîlere yardıma karar verdi. ilig nasr, sebüktegin’e sâmânî devletinin islam adına paylaşılmasını teklif etti. ancak bu kabul görmeyince ilig nasr bir taraftan gönderdiği oklarla bütün türk boylarını savaşa çağırırken, diğer taraftan da sebüktegin’in rakibi sistân hâkimi halef b. ahmed ile temas kurdu. bu şartlarda sebüktegin türk hakanlığı ile anlaşmaya razı oldu. iki taraf arasında yapılan anlaşmaya göre; karahanlı ve sâmânî ülkesi arasında katvan çölü sınır olacak, iki taraftan biri bu anlaşmadan daha fazla bir şey talep etmeyecek, anlaşmayı bozmayacak ve ilig nasr’ın şefaati gereğince fâik, sâmâni ailesine eski hizmetleri ve itaati dolayısıyla semerkand valisi tayin edilecekti. böylece ilig nasr, topraklarını batıya doğru genişleterek sâmânîleri zerefşân vadisine sıkıştırmış bulunuyordu.
anlaşmadan kısa bir süre sonra sâmânî emîr nûh b.mansur vefat etti ve yerine ebu’l-hâris mansur geçti. ardından gazneli sebüktegin de öldü ve oğlu mahmud tahta çıktı. bu durumdan yararlanmak isteyen sabık sâmânî veziri abdullah b. üzeyr ve ebû mansur muhammed isficâbî gibi şahsiyetler de ilig nasr’ın huzuruna gelerek bağlılıklarını bildirdiler. bu arada ebu’l-hâris mansur buhara’da tahttan indirilerek yerine küçük yaştaki kardeşi abdülmelik’i çıkardılar. karahanlılar batı sorumlusu ilig nasr, buhara’daki en sadık adamı fâik’in ölmesi ve gazneli mahmud’un ceyhun’un batısında sâmânîlerin horasan topraklarını alması üzerine derhal hareket ederek buhara üzerine yürüdü. begtüzün, yinâltegin ve diğer ileri gelen sâmânî türk komutanlar ilig nasr’ı karşılamak üzere onun yanına geldiklerinde hepsi tutuklandı. abdülmelik bunu haber aldığında kaçmak için vakit kalmamıştı. karahanlılar hiçbir direnişle karşılaşmadan buhara’ya girdi. ilig nasr imâret sarayına yerleşti. abdülmelik’i saklandığı yerden casusları vasıtası ile yakalattı. onu ve bütün sâmânî hanedanı üyelerini tutuklatıp başkent özkend’e gönderdi. abdülmelik orada öldü ve sâmânî devleti sona erdi.
buğra han harun, durum kendi lehine dönünce 991 yılında mâverâünnehr’in fergana bölgesine girdi. buğra han harun fergana’dan sonra isfîcâb vilâyetine geldi. bunu haber alan sâmânî emîr nuh b. mansur, hâcib inanç komutasında kalabalık bir orduyu han’ı karşılaması için gönderdi. iki taraf arasındaki şiddetli savaşta sâmânîlerin güvenilir son dayanağı hâcib inanç birçok komutan ve adamı ile birlikte karahanlılara esir düştü. bunlar türk ülkesine nakledildi. bu zafer, buğra han harun’un sâmânî devletini ortadan kaldırma, mâverâünnehr ve horasan’a sahip olma arzusunu güçlendirdi. buğra han harun savaşarak semerkand önlerine kadar gelince nûh b. mansur çaresiz kalarak ikram ve iltifatlarla hakanlığın gizli müttefiki fâik’i, buğra han harun’a karşı semerkand tarafına sevk etti. harceng’de sahte bir savaştan sonra yenilerek bozguna uğrayan fâik kaçarak buhara’ya geldi. nûh b. mansur gizlendiği yerden ebû ali sîmcûr’a bir elçi göndererek “han geldi, sen de gel.” diyerek tekrar yardım istedi. fakat bu isteğine cevap alamadı. buhara’yı terk etmek zorunda kaldı. ceyhun’u geçip âmûye vilâyetine geldi. böylece karahanlılar ciddi bir mukavemet ile karşılaşmadan mayıs 992’de sâmânîlerin başkenti buhara’ya girdi.
buğra han harun’un vaatlerini müttefikler ciddiye almayınca şartlar birden bire aleyhine döndü. bu sırada havasına ve meyvelerine alışamadığı buhara’da hastalanıp semerkand’a, oradan da kâşgar’a dönerken ağustos 992’de vefat etti. sâmânî emîr nûh b. mansur, han’ın çekildiğini haber aldığında, derhal maiyeti ile buhara’ya döndü ve selçuk beyin başnda bulunduğu oğuz grubundan aldığı destek ile mâverâünnehr’de hâkimiyetini tekrar kurdu. bu arada halife olmayı hayal eden el-vâsıkî, han’ın buhara’yı almasından sonra hazırlıklara girişmiş ve etrafına üç yüz gulâm (köle) toplamıştı. fakat han çekilince o da irâk’a kaçmak zorunda kaldı.
karahanlılar’ın başkenti balasagun’da bulunan arslan han ali, ülkenin batı tarafını yöneten buğra han harun ölünce yerine kendi oğlu nasr’ı getirdi. tonga tegin nasr cesur, sert, davasında ısrarlı ve siyasette mahir birisi olmakla beraber tam bir gönül insanı idi. onun yönetiminde yeniden mâverâünnehr tazyik edilmeye başlandı. sikkelere göre nasr 994-995 yıllarında fergâna, hocend ve ılâk’ı, 996’da şâş’ı ve 997 yılında uflrûsene’yi ele geçirdi. ertesi yıl 998’de karahanlı hakanı arslan han ali doğuda gayrimüslim unsurlara karşı giriştiği bir savaşta yanarak şehit olunca, balasagun’da türk hakanlığı tahtına büyük oğlu togan han ahmed geçti. kardeşi tonga tegin nasr da başarıları ile konumunu güçlendirdiğinden “ilig” ve “arslan ilig” unvanlarını kullanmaya başladı. özkend’i merkez edinerek türk hakanlığı’nın batıdaki faaliyetlerini buradan yönetmeye başladı.
buğra han harun, sâmânî devletine karşı harekete geçmeden önce sabırla detayı bir plan ve hazırlık yaptı. sâmânî devletinin çöküşüne neden olan memnuniyetsiz grupları yanına çekmeyi başardı. bunlardan ilki mâverâünnehir dihkânlarıydı. şahsî ihtiraslarını hayata geçirmek için mücadele eden vilayet hâkimleri halkı yüksek vergiler vermeye mecbur bıraktılar. bu uygulamalardan en çok rahatsız olan mâverâünnehr ahalisi için önemli olan kendilerine kimin hâkim olduğu değil, ticarî menfaatlerini kimin koruyacağı idi. bu nedenle sâmânî idaresi yerine, yakın ticarî ilişkiler içinde oldukları karahanlı idaresini arzu etmeye başladılar. mâverâünnehr yerel yöneticilerinden bir grup dihkân, sâmânî devletine son verilmesi için buğra han harun’u ülkeye davet etti.
ikinci grup mâverâünnehrin gayri resmî ulemasıydı. sâmânî hatipleri camilerde hakanlığa karşı cihadın farz olduğunu bildirince, halk onlara güvenmeyip yakınlarındaki mutasavvıflara müracaat ederek savaş için fetva istediler. onlar da karahanlıların dine karşı değil, dünyevî hükümranlık için mücadele ettiğini, bu nedenle kan akıtmanın yersiz olacağını, üstelik onların iyi bir müslüman kavim olduğunu, fitnenin ortadan kaldırılmasının daha doğru olacağını söyleyerek halkı bundan men ettiler. böylece, sadece halkı değil, mâverâünnehr gazilerini de hakanlığa karşı savaştırma imkânı kalmadı.
üçüncü grup ebû ali sîmcûrî, fâik, beg tüzün, hâcib inanç gibi sâmânî topraklarını aralarında paylaşmak için mücadele eden sâmânîlerin türk asıllı komutanları idi. bunlardan ebû ali sîmcûrî, horasan’da müstakil bir devlet kurmak için buğra han harun ile gizlice yazışmaya başladı. onunla kurduğu dostluk sonucunda bir anlaşma yapmayı başardı. buna göre, buhara, semerkand gibi ceyhun nehrinin doğusunda kalan yerler karahanlılara, nehrin batısında kalan yerler ise kendisinin olmak üzere sâmânî ülkesini paylaşacaklar ve bunun için iki taraf birbirine yardım edecekti. gizli mektuplar gönderen bir diğer komutan fâik de acilen sâmânî ülkesini istilaya gelmesi için buğra han harun’u tahrik ediyordu. son olarak halife el-vâsık soyundan geldiği kabul edilen ve mâverâünnehrde bulunan ebû muhammed abdullah el-vâsıkî’ye ödenmesi gereken maaşı sâmânîler vermediler. o da karahanlılara giderek buğra han harun’un sarayına yerleşti. han üzerinde etkili olup onu mâverâünnehr’e sâmânîler üzerine sefer yapmaya teşvik etmekte iken, bağdâd’da hilâfet makamında değişiklik meydana geldi. halîfe et-tâî lillah, büveyhî hükümdarı bahâüddevle tarafından hal’ edildi ve yerine el-kâdir billah halife oldu. ancak o horasan ve mâverâünnehr’de tanınmadı, hutbe et-tâî lillah adına okunmaya devam etti. bu gelişmeler karşısında hedefini büyüten el-vâsıkî, halife olmayı hayal etmeye başladı. her konuda görüşünü soran han’ın onayını aldı. el-vâsıkî halife ilan edilecek ve buğra han harun ona tâbi olarak mâverâünnehr ve horasan’da hüküm sürecekti.