cem sultan olayı resmen osmanlı devleti'nin bir dönemini o kadar etkilemiştir ki aslında herkes cem sultan'ı padişah olarak beklerken yaşanan taht kavgasını kaybetmiştir. daha sonra bizans'a mısır'a sığınmıştır. sonuçta bir iç mesele dış sorun haline gelmiştir, devletin prestiji düşmüştür. osmanlı devleti rahat hareket edememiştir. ikinci bayezıt'ın ilk yılları bu yüzden başarısız geçmiştir. devlet savaşa ara vermek zorunda kalmıştır.
cem sultan, ll.beyazitla taht mücadelesi vermiş, bu mücadelenin sunucunda yenilgiye uğrayarak 13 yıl hüzünlü esaret hayatı yaşamıştır. napoli de 1495 yılında vefat etmiştir .